由于軟式內鏡結構的復雜性，有關內鏡處理不當導致感染和毒性反應等不良事件已經廣為人知。盡管如此，基于公開的行業報告，美國CDC之前評估由于軟式內鏡造成的感染風險十分低（每180萬例手術中會發生1例事件）。目前的報告顯示此類的風險已被低估，機構審核中發現不遵循指南處理的現象在很多醫院都有存在。同時，ECRI（美國急診護理研究機構）已經將內鏡和手術器械的再處理不當列為2015年十大健康技術危害之一。 

    根據美國FDA的醫療報告和專業相關文獻，需要關注以下軟式內鏡處理的常見陷阱。

    器械內部或外部發生破損?？傮w來說，維修數據顯示60%的器械破損來自于正常使用（破損和撕裂），而40%則是由護理和拿取不當導致的，例如纖維破損，內部損壞和液體侵入。此類破損會導致病人體液進入器械功能之外的部位，產生交叉感染的風險。測漏失敗會導致器械內部部件被污染。重復暴露于等離子滅菌會導致在病人手術中部件發生移位。

    清洗不充分。內部管路的清洗需要關注細節。調查已經顯示雖然在病人使用過程中，主要的活檢鉗管路通常是嚴重污染區域（特別是結腸鏡），但是其他管路（例如送水送氣管路、抬鉗器導管等）也會存在污染物，需要充分清洗。已有報道顯示由于不充分清洗導致感染爆發和潛在毒性反應。

    消毒或滅菌不充分。由于不充分消毒/滅菌導致的感染報道包括消毒劑準備不充分，沒有將管腔正確連接至全自動內鏡清洗消毒機（AER），消毒不充分。某感染爆發事件與一種細菌（分支桿菌）能存活于戊二醛的消毒作用有關。其他調查已經報道，發現其他細菌能抵抗戊二醛和OPA消毒劑。

    漂洗和消毒后的干燥不充分。已經識別兩大問題。第一大問題是由于漂洗水中的細菌導致交叉污染。例如假單胞菌等細菌在水中十分常見，如果沒有正確控制水質，這些細菌會在消毒之后的漂洗階段進入器械中。原因包括使用污染的自來水作為手工漂洗或AER漂洗。如果在器械管路上有殘留水分，隨著時間增長，細菌會加倍繁殖，產生生物膜。來自生物膜的大量細菌會在之后的器械使用過程中傳播給病人?？梢酝ㄟ^以下方式預防：正確的消毒/滅菌，使用處理后的飲用水漂洗器械，在存放前充分干燥器械。其他水中的微生物風險包括潛在的病毒和原生動物類。另一個關注問題是如果在消毒過程中沒有充分漂洗消毒劑，會引發病人的毒副反應。報道中最常見的原因與使用戊二醛和OPA消毒劑有關。此類消毒劑會由于漂洗不充分導致消毒劑殘留在器械表面。因此，需要在控制的環境中使用新鮮水漂洗至少5次，以確保毒性物質不殘留（遵循消毒劑的廠商說明）。

    病人使用中器械準備不正確。在病人手術中的事件包括由于重復使用水瓶或附件導管導致的交叉感染。